정보 출처: https://discussions.apple.com/thread/2559330?start=0&tstart=0

평소에 iTunes 를 통해 앱 동기화를 하고 있지 않았다면, iPhone 에 iOS 5.0 업데이트를 시도하면 업데이트한 뒤 앱이 다 날아갈거라는 경고가 나옵니다. 실제로 업데이트 후에 다 날아가서 수동으로 복구하셨다는 분도 좀 보이구요. iTunes 에서 “응용 프로그램 동기화” 를 체크해서 동기화를 켜주고 업데이트하면 되지만, 이렇게 하면 iPhone 에 깔끔하게 정리되어 있던 아이콘 위치, 폴더 등이 다 뒤죽박죽이 된다는 문제가 있지요. 이 문제를 해결하려면 다음과 같이 해보세요. 한국어 iTunes 기반으로 설명합니다.

1) iTunes 켜고 iPhone 연결한 상태에서 왼쪽에 장비 탭에서 iPhone 기기를 마우스 우클릭 한 뒤 “구입 항목 전송”을 눌러서 iPhone 에는 있지만 iTunes 쪽에 없는 앱들을 모두 전송합니다.

2) iTunes 왼쪽 탭에서 iPhone 을 선택한 뒤, 응용 프로그램 탭으로 갑니다. “응용 프로그램 동기화” 를 체크합니다.

3) 방금 체크한 박스 바로 아래에 앱 목록이 활성화되었을 것입니다. 원하는 앱 모두 다 (아마도 전부 다) 체크해 줍니다. 오른쪽에 보이는 미리보기 화면은 순서가 이미 뒤죽박죽 된 상태일 것입니다.

4) 이제 해야할 일은, 동기화를 시킨 뒤 곧바로 취소시키는 것입니다. iTunes 오른쪽 아래에서 “적용” 버튼을 눌러준 뒤에, 동기화가 시작되면 iTunes 위쪽 가운데 바 오른쪽에 있는 까만 X 버튼을 바로 눌러줍니다.

5) 동기화가 취소될 때까지 기다립니다. 이제 3) 번에서 체크했던 목록은 그대로 유지된 채로 오른쪽 미리보기 화면에도 원래 iPhone 과 동일한 모습의 레이아웃이 나타납니다.

6) 이제 다시 iTunes 오른쪽 아래 “적용” 버튼을 눌러서 실제로 동기화를 해주세요. 원래 다 iPhone 에 있는 앱들이니까 동기화는 얼마 안걸립니다.

7) 이제 iOS 5.0 업데이트를 실행합니다.

저는 이 방법으로 앱 제대로 유지한 채로 업데이트 성공했는데 다른 분들은 어떨지 모르겠네요. 꼭 업데이트할 목적이 아니더라도, 앱 동기화가 꺼져 있는 상태에서 정보 손실 없이 동기화를 켜고 싶을 때 2) ~ 6) 단계만 밟아주면 됩니다.